Im Dezember 2005 erstattete Wolfgang Kaleck, Gründer und Generalsekretär des ECCHR, im Namen der Menschenrechtsorganisation Human Rights Watch und acht usbekischer Bürger Strafanzeige unter anderem gegen den früheren usbekischen Innenminister Zakir Almatow und den usbekischen Geheimdienstchef Rustan Inojatow wegen Folter und Verbrechen gegen die Menschlichkeit im Sinne des deutschen Völkerstrafgesetzbuches beim Generalbundesanwalt.

Gegenstand der Anzeige sind – basierend auf detaillierten Zeugenaussagen – konkrete Foltervorwürfe sowie der Vorwurf der Verübung des Massakers in der ostusbekischen Stadt Andischan gegen Almatow und elf weitere leitende Mitglieder des usbekischen Staatssicherheitsapparats.

Am 13. Mai 2005 eröffneten in der Stadt Andischan schwer bewaffnete Truppen des usbekischen Innenministerium und des Nationalen Sicherheitsdienstes das Feuer auf zumeist unbewaffnete Demonstrant*innen und töteten mehrere hundert Männer und Frauen. Die darauf folgenden Proteste der Zivilgesellschaft wurden gewaltsam niedergeschlagen und Menschenrechtsorganisationen, Medienanstalten und verschiedene UN-Organisationen des Landes verwiesen.

Das Massaker von Andischan führte zu gezielten Sanktionen der Europäischen Union gegen Usbekistan, einschließlich von Einreiseverboten gegen hochrangige usbekische Beamte, allen voran gegen Almatow selbst. Trotzdem erlaubte die Bundesregierung Almatow im Dezember 2005 wegen einer anstehenden Krebsbehandlung aus „humanitären Gründen“ die Einreise. Darauf wurde die Strafanzeige im Namen der usbekischen Opfer eingereicht. Almatows Anwesenheit auf deutschem Boden begründete die örtliche Zuständigkeit der deutschen Gerichtsbarkeit, Ermittlungen aufzunehmen und ein Gerichtsverfahren zu eröffnen. Offenbar als Reaktion auf die Strafanzeige reiste Almatow jedoch plötzlich ab.

Generalbundesanwalt Kay Nehm lehnte es im Frühjahr 2006 ab, gegen Zakir Almatow wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit zu ermitteln. Auch beim Deutschlandbesuch Inojatows im November 2006 sah die Bundesanwaltschaft keine Möglichkeit zum Eingreifen und begründete dies damit, dass die offizielle Einladung der Bundesrepublik Deutschland ihm Immunität gewähre.

Bisher steht jedoch nicht fest, welche Stelle den Geheimdienstchef zu welchem Zweck eingeladen hat. Inojatow gilt neben Almatow als einer der Hauptverantwortlichen für das Massaker von Andischan, für das bis heute noch niemand aus der damaligen usbekischen Regierung zur Verantwortung gezogen worden ist.