Das ECCHR arbeitet seit mehreren Jahren zu den so genannten Terrorismuslisten. Das Hauptaugenmerk liegt dabei zum einen auf der Adressierung gravierender Verletzungen fundamentaler Grund- und Menschenrechte durch die Aufnahme von Personen oder Gruppen in eine solche Liste. Zum anderen setzt sich das ECCHR aber auch mit der politischen und gesellschaftlichen Reaktion auf Terrorismus und den Verzicht auf wichtige rechtsstaatliche Errungenschaften im Umgang mit bestimmten Akteuren auseinander. Neben einzelnen emblematischen juristischen Fällen hat das ECCHR Diskussionen und Debatten initiiert und sich daran beteiligt.

Das ECCHR unterstützt seit 2011 vier Personen, die in Italien leben und seit 2003/04 auf den Terrorismuslisten der UN und EU stehen. Drei Anträge auf Streichung bei der Ombudsperson des Komitees 1267 des UN-Sicherheitsrats waren bereits erfolgreich. Das Komitee 1267 verwaltet die „UN-Terrorismusliste“, die Personen und Gruppen erfasst, gegen die wegen Terrorismusverdachts Sanktionen erlassen wurden.

Alle vier Personen wurden bereits durch italienische Gerichte von jeglichen terroristischen Anschuldigungen freigesprochen. Trotzdem werden bzw. wurden sie weiterhin auf der UN-Liste als „ehemalige Mitglieder“ einer italienischen terroristischen Vereinigung geführt, die angeblich Verbindungen zur Organization of al-Quaida in Islamic Maghreb (GSPC) besaß. Infolge der Listung wurde das gesamte Vermögen der Beschuldigten wie auch ihrer Angehörigen eingefroren und unterliegt strenger Kontrolle durch italienische Behörden. Eine Entscheidung über den verbleibenden Antrag steht noch aus. Ebenso wurden Anträge für alle vier Personen an die EU-Kommission gestellt, auch hier waren drei Fälle bislang erfolgreich.

Derzeit existieren zwei zentrale Verordnungen der Europäischen Union, die zur Terrorismusbekämpfung das Austrocknen von wirtschaftlichen Ressourcen vorsehen, die „UN-Liste“ und die „EU-eigene Liste“. Beide Verordnungen enthalten zum einen Listen von Personen oder Organisationen, die im Verdacht stehen, terroristische Ziele zu verfolgen oder zu unterstützen. Zum anderen enthalten sie Maßnahmen, die gegen diese Personen oder Organisationen ergriffen werden sollen.

In den letzten Jahren haben sich die Klagen von Personen oder Organisationen, die sich auf einer der beiden Listen befanden, gehäuft. Die Kläger*innen wollten erreichen, dass die jeweiligen Personen oder Organisationen von der Liste gestrichen werden. Sie kritisierten vor allem den mangelnden Rechtsschutz der Personen und Organisationen, die sich auf einer der Listen befanden; dies besonders im Hinblick auf den extrem einschneidenden Charakter einer Maßnahme, die jegliche Verwendung aller wirtschaftlichen oder finanziellen Ressourcen unterbindet. Die Klagen vor den Gerichten der Europäischen Union hatten Erfolg. Die Gerichte bemängelten vor allem die fehlende Begründung der Entscheidung, bestimmte Personen oder Organisationen auf die Liste zu setzen sowie das völlige Fehlen von Verteidigungsrechten der Betroffenen.