Der spanische Untersuchungsrichter Baltasar Garzón wurde Anfang 2012 von der spanischen Justiz angeklagt, da er im Oktober 2008 die Zuständigkeit seines Gerichts für Vorermittlungen zu erzwungenem Verschwindenlassen, Folter und Erschießungen von 114.266 Personen während des Spanischen Bürgerkrieges und der Diktatur Francos für den Zeitraum 1936 bis 1951 festgestellt hatte.

Ihm wurde vorgeworfen, damit seine richterlichen Kompetenzen überschritten zu haben. Garzón hatte sich in seiner Entscheidung auf internationales Recht berufen, das erzwungene Verschwindenlassen als Verbrechen gegen die Menschlichkeit qualifiziert und im Einklang mit internationalem Recht das nationale Amnestiegesetz für nicht anwendbar erachtet.

Baltasar Garzón ist international als eine Führungsfigur im Kampf gegen Straflosigkeit bei schweren Menschenrechtsverletzungen, unter anderem gegen den früheren chilenischen Diktator Augusto Pinochet, und für seine Bemühungen, die universelle Jurisdiktion zu stärken, bekannt. Im Februar 2012 wurde Garzón von den Vorwürfen freigesprochen. Es bleibt allerdings fraglich, ob die Rechte der Opfer berücksichtigt und unabhängige Ermittlungen und Strafverfolgungen der Massenverbrechen eingeleitet werden.

Im Mai 2010 hat das ECCHR gemeinsam mit neun anderen internationalen Juristen- und Menschenrechtsorganisationen eine Petition bei den UN eingereicht. Darin kritisieren die Organisationen, wie die spanische Justiz gegen Richter Baltasar Garzón vorgeht und fordern die UN-Sonderberichterstatter*innen für richterliche Unabhängigkeit, Folter, außergerichtliche Tötungen und den Schutz von Menschenrechten dazu auf, sich in dieser wichtigen Angelegenheit bei den spanischen Behörden für den Schutz des fundamentalen Prinzips der richterlichen Unabhängigkeit und Unparteilichkeit einzusetzen, was letztendlich auch geschah.

Das ECCHR, als Teil einer internationalen NGO-Koalition, fordert von Spanien, sein Amnestiegesetz von 1977 zurückzunehmen, da es internationales Recht verletze. Die Koalition rief darüber hinaus die spanischen Behörden dazu auf, internationalen Rechtsverpflichtungen nachzukommen und effektive Maßnahmen in der rechtlichen Aufarbeitung der Fälle erzwungenen Verschwindenlassens, extralegaler Tötungen und anderer internationaler Verbrechen einzuleiten. In Übereinstimmung mit völkerrechtlichen Bestimmungen muss Spanien handeln, um Wahrheit und Gerechtigkeit für die Opfer des Spanischen Bürgerkrieges und der Diktatur Francos zu gewährleisten.