Im März 2009 stellte der ECCHR-Kooperationsanwalt Gonzalo Boye in Spanien Strafanzeige gegen sechs ehemalige US-Beamte der Bush-Regierung, unter ihnen die Ex-Regierungsjuristen John Yoo and Jay Bybee. Das Ziel: Die sogenannten „Bush Six“ sollen für Verstöße gegen das Völkerrecht zur Verantwortung gezogen werden. Sie werden beschuldigt, zu Folter und grausamer, unmenschlicher und erniedrigender Behandlung im US-Gefangenenlager Guantánamo angestiftet und diese unterstützt zu haben. Zudem werden ihnen schwerwiegende Verletzungen der Genfer Konventionen aus dem Jahre 1949 vorgeworfen.
Das ECCHR vertritt in dem Verfahren den Bremer Murat Kurnaz, der von Januar 2002 bis August 2006 in Guantánamo inhaftiert war und dort gefoltert wurde. Auch das das Center for Constitutional Rights (CCR) aus New York unterstützt den Fall.