Im Oktober 2012 hat das ECCHR gemeinsam mit der kolumbianischen Menschenrechtsorganisation CCAJAR und dem kolumbianischen Gewerkschaftsverband CUT bei der Anklagebehörde des Internationalen Strafgerichtshofs (IStGH) in Den Haag eine Strafanzeige eingereicht. Mit dieser soll die Anklagebehörde davon überzeugt werden, hinsichtlich systematischer Gewalt gegen Menschenrechtsverteidiger*innen und insbesondere Gewerkschaftsmitglieder in Kolumbien aktiv zu werden.
Das Ausmaß der Gewalt ist als Verbrechen gegen die Menschlichkeit zu qualifizieren und fällt deshalb in die Zuständigkeit des Gerichtshofs. Da die Verbrechen durch die kolumbianischen Justizbehörden nicht ausreichend aufgeklärt und verfolgt werden, ist die Anklagebehörde des IStGH verpflichtet, Ermittlungen gegen die Hauptverantwortlichen in Regierung und Militärführung einzuleiten.